El CCNIS está conformado por:

1. Movimiento Autóctono Indígena Salvadoreño MAIS.
2. Asociación Democrática de Trabajadores Agropecuarios Indígenas Salvadoreños ADTAIS.
3. Asociación de Desarrollo Comunal Indígena Nahuat Pipil ADCINP. Izalco
4. Asociación Comunal Lenca de Guatajiagua ACOLGUA.
5. Artistas Para la Revivificación de la Cultura Original ARCO.
6. Asociación Para la Recuperación de la Cultura Autóctona Salvadoreña ARCAS.
7. Alcaldía Del Común de Izalco.
8. Asociación de Artesanos de El Salvador ITZAMA.
9. Asociación de Desarrollo Comunal de Santo Domingo de Guzmán ADESCOIN.
10. Asociación Cultural Ecológica de Panchimalco ACEIS.
11. Organización de Artesanos de los Planes de Renderos OAP-CI.
12. Comunidad Indígena la COMARCA de Nahulingo.
13. Asociación Indígena de Juayua.
14. Comisión de Derechos Humanos y Derechos de Pueblos Indígenas de El Salvador CODEHUINESAL.
15. Intercomunal Indígena de Santo Tomás.
16. Asociación de Desarrollo Comunal Cantón Sabana Grande ADESCOG.
17. Grupo Espiritual "TEPECTUNAL".
18. Fundación Feliciano Ama de Izalco FAMA.
19. Cooperativa La Unión, Santiago Texacuango.
20. Sindicato INDIO La Libertad.
21. Asociación de profesionales materno infantil de El Salvador.
22. Asociación ATUNAL de Izalco.
23. Asociación de Desarrollo Comunal de Mujeres Indígenas Ana de Pasasin ADESCOMIAP. Izalco.
A NIVEL NACIONAL EL CCNIS ES PARTE DE:
- Consejo Económico y Social-CES
- Frente Social para un Nuevo País
- Mesa Agropecuaria
- Red Contra los Trangénicos
- Foro para la Defensa de la Constitución-FDC
- La Mesa de la Procuraduría para la Defensa de los Derechos de los Pueblos Indígenas.
A NIVEL INTERNACIONAL EL CCNIS FORMA PARTE DE:
- Consejo Indígena Centro Americano CICA.
- Miembros del Fondo Indígena FONDI.
- Miembros del Foro Permanente Sobre Biodiversidad.
Proyecto Audio Visual de memoria histórica coordinado por el CCNIS y Audiovisuales UCA-2007

Areas de trabajo
Las áreas de trabajo en las que el Consejo y sus Organizaciones Miembros se desempeñan son:
- Derecho de Pueblos Indígenas.
- Espiritualidad.
- Medicina Ancestral.
- Educación Bilingüe Intercultural (Nahuat-Poton-Español).
- Agricultura y Ganadería.
- Conservación de los Recursos Naturales.
- Desarrollo Económico Sostenible.
- Fortalecimiento de la Identidad Cultural.
- Elaboración de Artesanías.
- Incidencia Política etc .
Documentos
LA CRUZ COMO HERENCIA ANCESTRAL INDIGENA
Declaración "CAMBIO CLIMÁTICO Y LOS PUEBLOS INDÍGENAS DE EL SALVADOR"
Declaración del Consejo Indígena de Centroamérica ante la situación del pueblo hondureño
Comunicado del CCNIS ante Golpe de Estado en Honduras
IV Cumbre Continental de Pueblos y Nacionalidades Indígenas del Abya Yala
Propuesta de REFORMA a la Constitución para el reconocimiento de la existencia de los Pueblos Indígenas en el territorio salvadoreño
Boletin de FORO para impulsar el reconocimiento de la existencia de los Pueblos Indígenas
COMUNICADO DE PRENSA DE LOS PUEBLOS INDIGENAS DE EL SALVADOR CON RELACION A LA PROPUESTA DE REFORMA CONSTITUCIONAL DE NUESTRO RECONOCIMIENTO
CONVENIO 169 DE LA OIT: El Convenio núm. 169 es un instrumento jurídico internacional vinculante que se encuentra abierto para su ratificación y que trata específicamente los derechos de los pueblos indígenas y tribales
CONVENIO CCNIS-UES: Ambas instituciones firman un convenio donde se buscarán los mecanismos que colaboren en la implementación de proyectos en beneficio de los pueblos indígenas de El Salvador.
PERFIL INDÍGENA DE EL SALVADOR
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